Pesquisador(a) em engenharia metabólica – Florianópolis/SC

Atividades

• Desenvolver e aplicar modelos computacionais para otimizar rotas metabólicas em diferentes células e organismos, focando na melhoria de processos biotecnológicos.
• Processar e analisar dados ômicos (genômica, transcriptômica, proteômica, metabolômica), interpretando os resultados para identificar alvos metabólicos e pontos de intervenção.
• Integrar dados experimentais e modelos computacionais para prever e validar a eficiência das estratégias de otimização.
• Colaborar com a equipe experimental na formulação e otimização de meios de cultura, utilizando modelos computacionais para direcionar a estratégia.
• Identificar biomarcadores para monitoramento do comportamento de culturas celulares e organismos.
• Integrar dados experimentais com modelos computacionais, facilitando a previsão de resultados e a melhoria contínua de processos. Elaborar POPs e assegurar que os procedimentos atendam às normas e regulamentações aplicáveis.
• Participar de workshops internos para compartilhar avanços, discutir desafios e promover a troca de conhecimentos entre as equipes.

Requisitos

• Proficiência em linguagens de programação como Python e R, com experiência em desenvolvimento de scripts e pipelines de análise de dados biológicos.
• Domínio de ferramentas de modelagem metabólica, como COBRA Toolbox, FBA (Flux Balance Analysis), MFA (Metabolic Flux Analysis), Genome-scale Metabolic Models e outras abordagens computacionais relevantes à área.
• Habilidade em trabalhar com big data e bancos de dados biológicos (Ensembl, KEGG, NCBI, Uniprot). Desejável experiência com consumo de APIs REST.
• Experiência no uso de modelos computacionais para identificar alvos para edição genética (CRISPR/Cas9 e outros), visando otimização de rotas metabólicas.
• Auxiliar na gestão de dados biológicos no banco de dados do centro de pesquisa. Garantir a atualização, segurança e acessibilidade dos dados, além de colaborar na implementação de ferramentas computacionais para otimização do banco.
• Conhecimento em sistemas de versionamento de código (e.g. Git) e de arquiteturas em nuvem é um diferencial.
• Desejável experiência com técnicas analíticas (HPLC, GC, espectrometria de massa) para monitoramento de metabolitos e avaliação de desempenho das rotas metabólicas.
• Formação em Ciências Computacionais, Biotecnologia, Engenharia Bioquímica, Ciências Biológicas, ou áreas correlatas. Pós-graduação em Bioinformática, Eng. Bioquímica, Eng. Metabólica, Eng. Genômica, ou áreas correlatas.
• Experiência prévia em modelagem metabólica e bioinformática, com conhecimento prático em células e/ou organismos.

Marcado como: Bioinformática, Bioprocessos, Biotecnologia, Cultura de Células, Laboratório