Bioinformata júnior – Salvador/BA

Responsabilidades

• Executar e monitorar pipelines de bioinformática para processamento de dados genômicos humanos em ambientes HPC, acompanhando jobs, uso de recursos, logs, falhas e conclusão das diferentes etapas.
• Verificar resultados e arquivos gerados pelos pipelines, identificando falhas de execução, inconsistências e problemas de qualidade.
• Realizar controle de qualidade e curadoria de dados genômicos humanos, avaliando métricas de FASTQ, BAM/CRAM e VCF.
• Investigar problemas de execução e realizar troubleshooting inicial de pipelines, ferramentas e jobs em HPC, encaminhando problemas mais complexos quando necessário.
• Apoiar ajustes, manutenção e testes de pipelines desenvolvidos em Nextflow.
• Executar rotinas de processamento, ingestão e curadoria de dados, seguindo procedimentos e padrões definidos pelo projeto.
• Registrar execuções, problemas identificados e resultados, mantendo documentação técnica e rastreabilidade dos processos.

Requisitos

• QUALIFICAÇÕES MÍNIMAS
  • Graduação completa em Bioinformática, Biologia, Biotecnologia, Computação, Engenharia Biomédica ou áreas correlatas ou especialização/mestrado em áreas relacionadas à genômica, biologia computacional ou análise de dados biomédicos.
  • Experiência prática em bioinformática, acadêmica ou profissional, com processamento e análise de dados de sequenciamento de DNA genômico por NGS.
  • Experiência prévia em projetos de genômica humana, com participação direta na execução de análises.
  • Experiência prática na execução e acompanhamento de pipelines de bioinformática.
  • Experiência prática com Nextflow, incluindo execução de pipelines, acompanhamento das etapas e interpretação de logs e erros.
  • Experiência prática em Linux e linha de comando.
  • Experiência prática em ambientes HPC, incluindo submissão e monitoramento de jobs, filas, logs e uso de gerenciadores como SLURM.
  • Conhecimento dos principais fluxos de processamento de dados genômicos, incluindo controle de qualidade, mapeamento, processamento de BAM/CRAM e chamada de variantes.
  • Familiaridade prática com ferramentas utilizadas em genômica humana, como GATK, BWA, SAMtools/bcftools e Picard, ou ferramentas equivalentes.
  • Conhecimento dos formatos FASTQ, BAM/CRAM, VCF e gVCF e capacidade de avaliar seus principais resultados e métricas.
  • Familiaridade com containers, como Docker e Singularity/Apptainer.
  • Familiaridade com Git e controle de versão.
  • Boa capacidade de organização e aprendizado contínuo.
  • Abordagem analítica e curiosidade científica.
  • Facilidade para trabalhar em equipe multidisciplinar.
  • Comunicação clara e abertura para receber orientação técnica.
• QUALIFICAÇÕES PREFERENCIAIS
  • Experiência com dados humanos de WES e/ou WGS.
  • Experiência com análise de variantes germinativas e/ou somáticas.
  • Experiência com adaptação ou desenvolvimento de pipelines em Nextflow.
  • Experiência com pipelines nf-core.
  • Familiaridade com padrões GA4GH, especialmente DUO e Phenopackets.
  • Familiaridade com dados fenotípicos e clínicos, REDCap, HPO, MONDO ou OMOP-CDM.
  • Familiaridade com processamento em GPU e NVIDIA Parabricks.
  • Inglês intermediário.
  • Mestrado em Bioinformática, Genética, Genômica ou áreas correlatas.
  • Participação em projetos ou publicações científicas em genômica ou bioinformática.
  • Experiência com processamento de grandes volumes de dados.
  • Familiaridade com boas práticas de documentação e reprodutibilidade.

Marcado como: Análise de Dados, Análises Genéticas, Análises Moleculares, Bioinformática, Biologia Molecular, Ciência de Dados, Genômica